Корисний "ХАК"

SELECT table_schema "DB Name", Round(Sum(data_length + index_length) / 1024 / 1024, 1) "DB Size in MB" FROM information_schema.tables  GROUP BY table_schema;

+——————–+—————+
| DB Name            | DB Size in MB |
+——————–+—————+
| cards              |           0.0 |
| info               |         267.3 |
| information_schema |           0.0 |
| mysql              |           0.6 |
| quickdat           |        3214.9 |
| quickdat_notif     |          65.7 |
| scgraf             |        9783.9 |
| test               |           0.0 |
+——————–+—————+
8 rows in set (4.70 sec)

Заходит в phpMyAdmin, делаем копию базы, и выполняем sql запрос:

DELETE a,b,c
FROM
wp_terms AS a
LEFT JOIN wp_term_taxonomy AS c ON a.term_id = c.term_id
LEFT JOIN wp_term_relationships AS b ON b.term_taxonomy_id = c.term_taxonomy_id
WHERE (
c.taxonomy = 'post_tag' AND
c.count = 0
);

в c.count указываем метки с каким количеством повторений удалить. Если поставить 2, то метки, которые встречались 2 раза удалятся.